從瓊脂糖凝膠中回收DNA片段的原則和注意事項
更新時間:2020-12-11 點擊次數:1107次
從瓊脂糖凝膠中回收DNA片段的原則和注意事項
瓊脂糖是從瓊脂中提取出來的,其中含有較多的酸根和羥基多糖。目前大多數級別的瓊脂糖中含有硫酸酯多糖,這種物質能抑制基因克隆中使用的多種工具酶的活性,如DNA限制性內切酶、連接酶等,在回收DNA時應盡量減少這些物質的污染。
在分子生物學實驗中,我們通常需要分離純化特定分子量的DNA片段,用于接下來的實驗,比如酶切、連接的工作。下面主要介紹從瓊脂糖凝膠中回收DNA片段的原則和注意事項,其主要原則有兩項:
1、去除DNA樣品中的雜質:
瓊脂糖是從瓊脂中提取出來的,其中含有較多的酸根和羥基多糖。目前大多數級別的瓊脂糖中含有硫酸酯多糖,這種物質能抑制基因克隆中使用的多種工具酶的活性,如DNA限制性內切酶、連接酶等,在回收DNA時應盡量減少這些物質的污染。不管用哪種方法進行回收DNA,都會用到2.5 mol/L醋酸銨和乙醇沉淀,再用70%乙醇漂洗數次,這樣處理,可以有效地去除一些有害的有機分子和無機鹽沉淀。近年來瓊脂糖的質量大為提高,出現了如低熔點瓊脂糖這樣的產品,不但熔點降低,其中含有的對DNA工具酶有抑制作用的物質也很少,所以有些低熔點的瓊脂糖可以直接在其溶液中對DNA進行內切酶消化和DNA片段之間的連接反應。
2、提高DNA片段的回收率:
DNA的回收率與DNA片段的大小有一定關系,分子量越大,回收率明顯下降,大于20kb時,回收率低于20%。這是由于大的DNA片段和DEAE纖維素紙的結合力強,很難洗脫下來。DNA片段的含量也和回收率有較為密切的關系,量越少回收率越低。
回收DNA片段時應注意以下事項:
1、提高DNA上樣量;
2、減小DNA回收時的洗脫容積,若容積過大,可先用正丁醇進行濃縮;
3、正確選擇回收DNA片段的方法,根據回收片段的大小選擇適當的回收方法。